Secara internal, Universitas Airlangga (UA) pada tahun 2003 memiliki beberapa instrumen laporan evaluasi diri, walaupun belum membentuk sistem penjaminan mutu secara formal. Secara internal, mekanisme kontrol dan monitoring di berbagai fakultas dan unit kerja dilakukan oleh Dekan dan Ketua Unit atau Lembaga yang bersangkutan. Disamping itu sebagai universitas negeri, eksternal monitoring dilakukan secara regular oleh lembaga pemerintah seperti BPK, BPKB, IRJEN yang mengkhususkan diri dalam area keuangan dan program tahunan. Mekanisme monitoring juga dilakukan oleh IRJEN Pendidikan Nasional dalam aspek administrasi keuangan, personil dan proses Tri Dharma Perguruan Tinggi. Selanjutnya Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) merupakan lembaga yang melakukan audit eksternal disetiap prodi dan institusi. Pada tahun 2000, beberapa Prodi di UA memperoleh hibah kompetitif seperti DUE-Like, TPSDP dan Semi QUE, di setiap pelaksanaan hibah kompetitif tersebut dibangun tim QA. Tim ini memiliki peran untuk memonitor dan mengevaluasi pelaksanaan aktivitas yang diusulkan berbagai Prodi.
Namun demikian, UA belum memiliki Tim QA yang terintegrasi dan independen yang mampu memonitor dan mengevaluasi pelaksanaan setiap program di bawah UA, baik dalam aktivitas akademik maupun aspek manajemen universitas lainnya. Pada tahun 2003, Pusat Peningkatan dan Pengembangan Pendidikan UA (P4UA) memperoleh hibah kompetisi TPSDP.
Salah satu aktivitas yang diusulkan P4UA adalah pembentukan core team sistem penjaminan mutu di tingkat universitas. Pembentukan core team ini memperoleh sambutan yang positif dari pimpinan universitas, sehingga core team tersebut pada akhirnya diangkat oleh Rektor sebagai satuan gugus tugas yang bertanggung jawab untuk enyusun sistem penjaminan mutu di UA. Pada tanggal 24 Februari 2005, gugus tugas ini resmi berubah menjadi Unit Pelaksana Teknis dengan nama Pusat Penjaminan Mutu Universitas Airlangga yang ditetapkan dengan SK Rektor Nomor 1357/J03/PP/2005.